The Soul Translator adalah antarmuka penuh penyelaman canggih yang berinteraksi dengan Fluctlight pengguna — yang setara dengan teknologi jiwa manusia — dan pada dasarnya berbeda dari metode ortodoks dalam mengirimkan sinyal ke otak. Rath institut swasta bertujuan untuk menyempurnakan kreasi mereka dengan meminta bantuan penyintas Sword Art Online Kazuto Kirigaya. Dia bekerja di sana sebagai karyawan paruh waktu untuk menguji kemampuan sistem di Dunia Bawah: ranah fantastik yang dihasilkan oleh Soul Translator. Sesuai kontrak kerahasiaan, setiap kenangan yang dibuat oleh mesin di dunia virtual dihapus setelah kembali ke dunia nyata. Kazuto hanya bisa samar-samar mengingat satu nama, Alice, yang memancing rasa tidak nyaman ketika disebutkan dalam kenyataan.

Ketika Kazuto mengantar Asuna Yuuki pulang suatu malam, mereka kebetulan bertemu musuh yang akrab. Kazuto terluka parah dalam pertarungan berikutnya dan kehilangan kesadaran. Ketika dia sadar, dia menemukan bahwa dia telah melakukan terjun penuh ke Dunia Bawah dengan tampaknya tidak ada cara untuk melarikan diri. Dia memulai sebuah pencarian, mencari jalan kembali ke dunia fisik sekali lagi.