Tokiyuki Houjou yang berusia delapan tahun, penerus Keshogunan Kamakura berikutnya, adalah seorang anak kecil yang tidak memiliki bakat dalam segala hal selain petak umpet. Suatu hari, kehidupan bahagianya tiba-tiba berubah ketika Ashikaga Takauji secara brutal merebut kekuasaan dari Kamakura, mengakhiri pemerintahan mereka. Diselamatkan oleh seorang pendeta yang mengaku sebagai pendeta suci, Tokiyuki berhasil melarikan diri. Sekarang dia harus menghindari orang-orang yang mencoba membunuhnya sambil merekrut rekan-rekan yang dapat membantunya mengembalikan Keshogunan Kamakura ke kejayaannya.

Berlatar periode Nanboku-chou dalam sejarah Jepang, Nige Jouzu no Wakagimi adalah kisah penebusan, yang mendokumentasikan kehidupan pahlawan terlupakan yang mengubah takdir Jepang dengan melarikan diri.