Ryza no Atelier mengikuti kisah Stout Reisalin, seorang gadis yang tinggal di Pulau Kurken untuk mencari petualangan. Dia menemukan perahu dayung yang ditinggalkan pada suatu hari di musim panas dan berangkat ke daratan bersama teman-temannya, Marslink Lent dan Mongarten Tao. Sepanjang jalan, Ryza bertemu dengan alkemis, Vollmer Empel dan rekannya, Decyrus Lila yang membuatnya berada di jalur pembelajaran alkimia dan petualangannya yang saling terkait, dan dengan segera menemukan kebenaran tentang tempat tinggalnya.